De acordo com o previsto nos Estatutos, o CES possui duas comissões de avaliação, com o objetivo de analisar e avaliar as atividades desenvolvidas pelo Centro, produzindo anualmente relatórios de avaliação circunstanciados: a Unidade de Acompanhamento Interna e a Unidade de Acompanhamento Externa. A primeira é formada por cinco membros designados pelo Conselho Científico; a última é formada por três a seis especialistas de grande reputação científica, sendo que, pelo menos, dois exercem atividades em unidades internacionais.

Neste momento, são membros da Unidade Interna de Acompanhamento:

Ana Oliveira
Clara Keating
Cláudia Pato de Carvalho
Patrícia Vieira (desde outubro de 2023)
Pedro Hespanha
Tiago Santos Pereira (março 2022 a outubro 2023)

São membros da Unidade de Acompanhamento Externa, para os períodos 2020 - 2022 e 2023 - 2025:

Alessandra Capuano - Università degli Studi di Roma "La Sapienza"
Jacqueline Descarpentries – Université Paris 8
Mary Layoun - University of Wisconsin–Madison
Mikael Rask Madsen - University of Copenhagen

James Wilsdon – University College London (2024-2025)

Sue Scott – Newcastle University (2020 – 2023)

A anterior Unidade Interna de Acompanhamento, no período 2019-2021, foi constituída por:

Ana Cordeiro Santos
Gonçalo Canto Moniz
Miguel Cardina
Pedro Hespanha
Silvia Rodríguez Maeso

As anteriores Unidades Externas de Acompanhamento foram compostas por:

Período 2016-2019:

Maria José Fariñas Dulce – Universidad Carlos III de Madrid, Espanha
Matthieu de Nanteuil – Université Catholique de Louvain, Bélgica
Roberto Vecchi – Università di Bologna, Itália

Período 2013-2015
Goran Therborn - University of Cambridge - Reino Unido
Gurminder K. Bhambra - Social Theory Centre of the University of Warwick - Reino Unido
Wanda Capeller - Institut de Sciences Politiques (Sciences-Po, Toulouse) - França

Período 2009-2012
Benjamin Tejerina - Universidad del País Vasco - Espanha
Ramon Grosfoguel - University of Califórnia, Berkeley - Estados Unidos da América
Teresa Cruz e Silva - Universidade Eduardo Mondlane - Moçambique

Todos os anos as duas comissões reúnem, individualmente e em conjunto, elaboram relatórios e tecem recomendações sobre o relatório de atividades do ano transato e sobre o plano as atividades do ano seguinte. A Unidade de Acompanhamento Externa visita regularmente o CES e reúne com os órgãos diretivos e com a comunidade de investigadores/as do CES.